Oncotype DX Breast Recurrence Score

Tecnología Subyacente

El Proceso de la Prueba Oncotype DX

Como una prueba diagnóstica de numerosos genes, la prueba Oncotype DX está diseñada para apoyar planificaciones de tratamiento individualizadas. La prueba brinda una evaluación cuantitativa de la probabilidad de beneficiarse de la quimioterapia y de la recurrencia distante que puede aumentar la confianza en que el plan de tratamiento esté hecho a la medida de cada paciente de manera individual.

La prueba Oncotype DX se realiza en el laboratorio autorizado de Genomic Health en donde se desarrolló la prueba. Primero, se extrae y depura el ARN de la muestra del tumor de mama. Luego, el ARN se analiza utilizando una técnica denominada RT-PCR (reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa) en tiempo real. Por último, se calcula el resultado del Recurrence Score a partir de los resultados de la expresión génica.

Ventajas de RT-PCR

La prueba Oncotype DX analiza la expresión de un panel de 21 genes de la muestra de un tumor empleando una técnica denominada RT-PCR. Un método RT-PCR de alto rendimiento en tiempo real fue desarrollado para analizar la expresión de los genes seleccionados simultáneamente. Es sensible, específico, altamente reproducible y tiene un amplio rango dinámico. RT-PCR es una tecnología comprobada, y utilizada de rutina en varias aplicaciones clínicas, incluyendo estudios para detectar la carga viral del VIH.

Para cuantificar la expresión génica, se extrae el ARN del tejido tumoral en parafina y fijado con formalina (FPET) sujeto al tratamiento con DNAsa I. El contenido total del ARN se mide y se verifica la ausencia de contaminación del ADN. Se realiza la transcripción inversa seguida de las reacciones cuantitativas TaqMan® (Roche Molecular Systems, Inc.) RT-PCR en placas de 384 pocillos. La expresión de cada uno de los 16 genes se mide por triplicado y luego se normaliza en relación a los cinco genes de referencia.

Los métodos de prueba estandarizados de la prueba Oncotype DX han sido optimizados para minimizar la variabilidad debido a:

  • Método de preparación del tejido: FPET vs. frescos congelados
  • Antigüedad, condiciones de almacenamiento y variabilidad en la preparación del bloque tumoral
  • Heterogeneidad dentro y entre los bloques FPET
  • Heterogeneidad con respecto a las áreas enriquecidas con o sin tumor dentro de un bloque FPET

Desarrollo de la prueba Oncotype DX

La prueba Oncotype DX fue desarrollada en cuatro pasos. A continuación se describen en detalle cada uno de estos pasos.

  1. Optimización de los métodos para la cuantificación de la expresión génica que utiliza tejido tumoral en parafina y fijado con formalina (FPET)
  2. Selección de 250 genes candidatos a partir del genoma humano
  3. Prueba de genes candidatos para identificar un panel de genes óptimo para validación clínica
  4. Validación clínica prospectiva del panel de 21 genes y cálculo del resultado del Recurrence Score

Paso 1. Optimización de los métodos para la cuantificación de la expresión génica que utiliza tejido tumoral en parafina y fijado con formalina (FPET)

La capacidad de trabajar con muestras de FPET es crítico en EE.UU. ya que es el método estandarizado para la preservación y el almacenamiento de tumores. Cuando el tejido es preservado en parafina, el ARN se fragmenta. Sin embargo, la tasa relativa de ARN entre genes permanece invariable. Al utilizar técnicas RT-PCR, se puede medir la expresión de la mayoría de los genes relativo a los genes de referencia. Para desarrollar la prueba Oncotype DX, investigadores de Genomic Health optimizaron la tecnología RT-PCR 1) para la cuantificación de alto rendimiento en tiempo real de un ARN específico en FPET, y 2) para ser reproducible independientemente de la variabilidad inherente en los bloques de tumores.

Paso 2. Selección de 250 genes candidatos a partir del genoma humano

Investigadores de Genomic Health se basaron en numerosas fuentes para identificar 250 genes candidatos—aquellos posiblemente asociados con el comportamiento de los tumores de cáncer de mama—de entre aproximadamente 25,000 genes en el genoma humano.

Paso 3. Prueba de genes candidatos para identificar un panel de genes óptimos para validación clínica

Se analizaron los 250 genes candidatos en un total de 447 pacientes en tres estudios clínicos independientes para identificar un panel de genes fuertemente relacionados con la supervivencia libre de recurrencia distante. La selección de los 16 genes del cáncer utilizados para la prueba Oncotype DX se basó en los resultados de los tres estudios clínicos, los cuales demostraron una fuerte y consistente conexión estadística entre estos genes y la recurrencia distante del cáncer de mama. Se identificaron cinco genes de referencia para normalizar la expresión de los genes relacionados con cáncer. Además, estos estudios formaron la base para el cálculo del resultado del Recurrence Score, el cuál combina los datos de expresión génica de este panel génico en un solo resultado.

Paso 4. Validación clínica prospectiva del panel de 21 genes y cálculo del resultado del Recurrence Score

El panel génico de la prueba Oncotype DX y el cálculo del resultado del Recurrence Score fueron validados en un extenso e independiente estudio clínico multicéntrico (Estudio NSABP B-14) y en un extenso estudio de control, basado en la población en pacientes con cáncer de mama en Kaiser Permanente del norte de California. Los criterios de valoración y los planes de análisis fueron definidos prospectivamente. Los resultados de estos estudios fueron incluidos en la sesión Best of Oncology en ASCO 2004, y los resultados del estudio de validación clínica NSABP B-14 fueron publicados en The New England Journal of Medicine (December 30, 2004).

Panel de 21 Genes Utilizados para Calcular el Resultado del Recurrence Score

El panel genético de la prueba Oncotype DX fue seleccionado de la literatura científica, de una base de datos de genómica y de experimentos basados en conjuntos de ADN realizados en tejidos frescos y congelados. El algoritmo del resultado del Recurrence Score fue derivado de tres estudios de pacientes con cáncer de mama y luego fue clínicamente validado en múltiples estudios independientes.

  • El resultado del Recurrence Score se calcula de la expresión de 16 genes relacionados con cáncer y de 5 genes de referencia utilizados para normalizar la expresión de esos genes cancerígenos
  • En los estudios clínicos, los 16 genes cancerígenos demostraron tener una conexión estadística consistente con la recurrencia de cáncer de mama distante, así como también un sólido poder predictivo en relación a los beneficios de la quimioterapia

Panel de 21 Genes Utilizados para Calcular el Resultado del Recurrence Score
16 genes cancerígenos y
5 genes de referencia de
3 estudios

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