Oncotype DX Breast Recurrence Score

Tecnología subyacente

Proceso del test Oncotype DX®

Como se trata de una prueba diagnóstica multigénica, el test Oncotype DX está diseñado para respaldar la planificación individualizada del tratamiento. El test ofrece una evaluación cuantitativa de la probabilidad de beneficio de la quimioterapia y de recidiva a distancia, lo que puede aumentar la confianza en que el plan de tratamiento esté personalizado para la paciente individual.

El test Oncotype DX se realiza en el laboratorio autorizado de Genomic Health® donde se desarrolló la prueba. Primero se extrae y purifica ARN de la muestra del tumor canceroso de mama. Después se analiza el ARN con una técnica denominada RT-PCR (reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa) en tiempo real. Por último, se calcula el resultado Recurrence Score® a partir de los resultados de la expresión génica.

Ventajas de la RT-PCR

El test Oncotype DX analiza la expresión de un grupo de 21 genes de una muestra tumoral con una técnica denominada RT-PCR. Se creó un método de RT-PCR de alto rendimiento en tiempo real para analizar la expresión de ciertos genes simultáneamente. Es sensible, específica, altamente reproducible y tiene un amplio rango dinámico. La RT-PCR es una tecnología consolidada que se utiliza sistemáticamente en diversas aplicaciones clínicas, entre ellas las pruebas de carga viral del VIH.

Para cuantificar la expresión génica, se extrae ARN del tejido tumoral fijado en formol y embebido en parafina (FFEP) y se somete a tratamiento con ADNasa I. Se determina el contenido total de ARN y se verifica la ausencia de contaminación por ADN. Se realiza la transcripción inversa seguida de reacciones cuantitativas de RT-PCR TaqMan® (Roche Molecular Systems, Inc.) en placas de 384 pocillos. Se determina por triplicado la expresión de cada uno de los 16 genes y después se normaliza con respecto a un conjunto de cinco genes de referencia.

Los métodos de análisis estandarizados del test Oncotype DX se han optimizado para reducir al mínimo la variabilidad debida a los siguientes elementos:

  • Método de preparación del tejido: tejido FFEP frente a tejido fresco.
  • Antigüedad, almacenamiento y variabilidad de la preparación del bloque tumoral.
  • Heterogeneidad dentro de los bloques FFEP y entre ellos.
  • Heterogeneidad con respecto a las áreas enriquecidas con tumor o sin él dentro de un bloque FFEP.

Desarrollo del test Oncotype DX

El test Oncotype DX se desarrolló en cuatro pasos. A continuación se describe con detalle cada uno de ellos.

  1. Optimización de los métodos para cuantificar la expresión génica en tejido tumoral fijado en formol y embebido en parafina (FFEP).
  2. Selección de 250 genes candidatos en el genoma humano.
  3. Análisis de los genes candidatos para identificar un grupo de genes óptimo para su validación clínica.
  4. Validación clínica prospectiva del grupo de 21 genes y cálculo del resultado Recurrence Score.

Paso 1. Optimización de los métodos para cuantificar la expresión génica en tejido tumoral fijado
en formol y embebido en parafina

La capacidad de trabajar con muestras FFEP es crucial, ya que se trata del método convencional para la conservación y el almacenamiento de tumores en muchos países. Cuando el tejido se conserva en parafina, el ARN se fragmenta. Sin embargo, la proporción relativa de ARN entre genes permanece inalterada. Empleando técnicas de RT-PCR, se puede determinar la expresión de la mayoría de los genes con respecto a un conjunto de genes de referencia. Para desarrollar el test Oncotype DX, los investigadores de Genomic Health optimizaron la tecnología
RT-PCR 1) para la cuantificación de alto rendimiento en tiempo real de un ARN determinado en FFEP, y 2) para que fuera reproducible independientemente de la variabilidad inherente en los bloques tumorales.

Paso 2. Selección de 250 genes candidatos en el genoma humano.

Los investigadores de Genomic Health se basaron en numerosas fuentes para identificar 250 genes candidatos –aquellos posiblemente asociados al comportamiento de los tumores cancerosos de mama– de entre los aproximadamente 25.000 genes del genoma humano.

 

Paso 3. Análisis de los genes candidatos para identificar un grupo de genes óptimo para su
validación clínica.

Se analizaron los 250 genes candidatos en un total de 447 pacientes de tres estudios clínicos independientes con el fin de identificar un grupo de genes fuertemente correlacionados con la supervivencia sin recidiva a distancia. La selección de los 16 oncogenes utilizados para el test Oncotype DX se basó en los resultados de los tres estudios clínicos, que demostraron una asociación estadística uniforme y sólida entre estos genes y la recidiva a distancia del cáncer de mama. Se identificaron cinco genes de referencia para normalizar la expresión de estos genes relacionados con el cáncer. Además, estos estudios constituyeron la base para el cálculo del resultado Recurrence Score, que combina los datos de expresión génica de este grupo de genes en un solo resultado.

Paso 4. Validación clínica prospectiva del grupo de 21 genes y cálculo del resultado Recurrence Score.

El grupo de genes del test Oncotype DX y el cálculo del resultado Recurrence Score se validaron en un ensayo clínico multicéntrico amplio e independiente (estudio NSABP B 14) y en un gran estudio poblacional de casos y controles en pacientes con cáncer de mama en Kaiser Permanente del norte de California. Los criterios de valoración y el plan de análisis se definieron de forma prospectiva. Los resultados de estos estudios se incluyeron en la sesión Best of Oncology en ASCO 2004 y los resultados del estudio de validación clínica NSABP B 14 se publicaron en The New England Journal of Medicine (30 de diciembre de 2004).

Grupo de 21 genes utilizados para calcular el resultado Recurrence Score

El grupo de genes del test Oncotype DX se seleccionó a partir de experimentos basados en matrices de ADN realizadas con tejidos frescos y congelados. El algoritmo del resultado Recurrence Score se derivó de 3 estudios de pacientes con cáncer de mama y después se validó clínicamente en varios estudios independientes.

  • El resultado Recurrence Score se calcula a partir de la expresión de 16 oncogenes y de 5 genes de referencia utilizados para normalizar la expresión de esos oncogenes.
  • En los estudios clínicos, los 16 oncogenes demostraron una asociación estadística uniforme con la recidiva a distancia del cáncer de mama, así como una sólida capacidad predictiva en cuanto al beneficio de la quimioterapia.

Grupo de 21 genes utilizados para calcular el resultado Recurrence Score:
16 oncogenes y
5 genes de referencia de
3 estudios

 

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